澎湖主要的箱網養殖區包括西嶼的竹灣、二崁、內垵及澎南等海域。箱網養殖將大型箱型漁網直接放進海裡，利用天然海水進行養殖，和傳統上在陸上利用漁塭養殖大不相同，由於箱網養殖以最接近自然的養殖方式，所以產出的漁獲品質極佳，已取代漁塭養殖成為台灣養殖漁業的主要趨勢。目前澎湖箱網養殖的主要魚種是海鱺，這種中大型魚類可以長到20公斤，不僅可生食，不論清蒸、乾煎、燒烤或煮湯也都十分美味，已成為澎湖養殖漁業的明星魚種。
澎湖目前的牡蠣養殖戶主要分佈於馬公市澎南地區及白沙鄉的城前村等地，所養殖的牡蠣品種屬於巨牡蠣，由於養殖地點的深度夠、水質好以及海水鹽度高，所以產出的牡蠣尺寸大，肉質肥厚，味道也特別鮮美。馬公市菜園里的養殖戶更發展出相關休閒漁業，遊客可付費搭娛樂漁筏到業者搭建的海上平台，體驗餵食海鱺和釣花枝等活動，並在平台上享用現場碳烤牡蠣，是養殖業轉型休閒漁業的成功案例。
澎湖的九孔養殖以七美鄉平和村及馬公市井垵里兩地為主，其中七美鄉由於水質極佳，所養殖生產的九孔肉質清脆而鮮美，遠近馳名。近兩年來井垵里的養殖戶已轉型為以培育九孔種苗供應養殖場為主。七美鄉則成立九孔生態園區，結合九孔養殖業與觀光休閒活動，在每年舉辦的澎湖海鮮節當中，七美的九孔都是最受遊客青睞的主角之一。養殖業者在活動期間帶領遊客參觀養殖場，並現場解說九孔生態，遊客也可親自餵食養殖池裡的九孔，進一步體驗九孔養殖的作業情形。另一方面，業者也開放園區的部份場地供遊客親自捕撈活的九孔，現場烹調享受九孔的美味。
http://tour.penghu.gov.tw/petg/english/tch8.htm
